早在十六世紀初葉,雖然西班牙探險家、法國商人等曾進出當今的大休士頓地區,但休士頓真正的歷史只有165年。
美國的德克薩斯州原屬於墨西哥,部分說英語的人移居到此,但墨西哥政府禁止蓄奴制度存在,這些奴隸主不滿意,因此於1836年3月2日發動暴動,宣布德克薩斯州獨立,並以Lone Star為國名獨立了近10年,和墨西哥政府軍發生戰鬥,美國乘機宣布承認德克薩斯國。1845年宣布德克薩斯加入合眾國,並於1846發動美莫戰爭,墨西哥戰敗,被迫承認德克薩斯分離。
San Jacinto古戰場、聖安東尼的Alamo古戰場,都見證了德州與墨西哥短兵相接的歷史。
開拓者約翰.阿倫(John Allen)和奧古斯塔斯.阿倫(Augustus Allen)兄弟倆,在San Jacinto戰役剛結束的1836年夏天(8月30日),買下了樹木林立的Buffalo Bayou(水牛河)南岸大約6000英畝的土地,並為這塊土地取名為"休士頓"(Houston),聲稱對新獨立的共和國英雄──Sam Houston將軍表示敬意。
當Sam Houston將軍被選為剛從墨西哥統治下獨立的德克薩斯共和國的首任總統時,Houston被選定為共和國首都。但如今眾人所知德克薩斯州的首邑為奧斯汀,有一段「竊取首邑」的歷史公案,差點讓休士頓成為德州的首邑。原來在1830年代,米拉標.拉馬(Mirabeau Lamar)首倡以奧斯汀為德州首邑,此舉受到德州政界人物的支持,但是參與創立德克薩斯共和國的Sam Houston卻獨持異議,原因無他,私心地希望首邑選在以他的名字命名的休士頓。不過,他的運氣不怎麼好,當時休士頓爆發了黃熱病,病死了很多人,德州政界人物想到要到休士頓辦公開會,心裡怕怕的,很少人敢去,於是他們同意了拉馬以奧斯汀為德州首邑的提案。
豈知休士頓將軍並不善罷甘休,進行了一項陰謀秘密行動,在1842年的除夕夜,他派遣了德州的巡警隊長從奧斯汀偷走了重要的政府文件,送到休士頓來,想要來個偷天換日,打算「竊取首邑」。不料在這名巡警隊長偷走政府文件,被一個睡不著覺的奧斯汀女子看到,她很快地就揭露這項醜聞。第二天,一群奧斯汀人登上馬騎,火速地趕去休士頓把被竊的重要政府文件搶回來,由於將軍下令巡警不得跟來人打架,因此文件很平安地又回到奧斯汀。
德州自1845年12月29日加入美國聯邦後,為美國第28個州,仍自視與眾不同,至今仍經常看見德州的Lone Star州旗與美國國旗並列。德州是美國唯一在成為州之前是一個國家的州,唯一用盟約來加入美國聯邦的,只要經州選民同意,隨時可退出美國聯邦。